Čaputová học luật tại Đại học Comenius Bratislava. Cô tốt nghiệp năm 1996. Sau khi được đào tạo, cô đã làm việc vài năm trong chính quyền khu vực của thị trấn Pezinok, đầu tiên là thành viên của bộ phận pháp lý, sau đó là cơ quan quản lý của chính quyền thành phố. Năm 2016, cô nhận được Giải thưởng Môi trường Goldman [2] cho hoạt động của mình trong một phong trào môi trường địa phương ở quê hương cô.[3]

Čaputová là mẹ của hai đứa trẻ. Cho đến năm 2018, cô đã kết hôn với Ivan Čaputová. Cô hiện sống với nhạc sĩ, nhiếp ảnh gia và tác giả Peter Konečný.